Fonds général - après Ms 3004 (Ms Z 320 à Z 828)
Ms Z 544 à Z 563 
- Ms Z 544 - Inventaire général du Cabinet d'histoire naturelle de Besançon. 1826- 1827.
- Ms Z 545 - Lettres de noblesse octroyées par l'empereur Charles Quint à Jean et Antoine Beerman. Metz, 21 juin 1544
- Ms Z 546 - Documents concernant Louis-Gabriel Aymonet de Contreglise. 1796
- Ms Z 547 - Texte coranique (hadit). XIXe s.
- Ms Z 548 - Meguilat Esther : rouleau du livre d'Esther. XIXe s.
- Ms Z 549 - Bande de tissu utilisée pour une circoncision. 1862-1865
- Ms Z 550 - Pierre-Joseph Proudhon. Kant. Principes métaphysiques du droit, suivi du projet de paix perpétuelle
- Ms Z 551 - Pierre-Joseph Proudhon. Les Constitutions.
- Ms Z 552 - Thomas. Lettre à Albéric Truchis de Varennes. 4 mai 1923.
- Ms Z 553 - Charles Weiss. Lettres. 1812-1863
- Ms Z 554 - Documents concernant Gaston Marquiset.
- Ms Z 555 - Lettres adressées à Jean-Joseph Monnot-Arbilleur.
- Ms Z 556 - Notes sur divers sujets comtois
- Ms Z 557 - La vie de Mr Olier curé de Saint-Sulpice...
- Ms Z 558 - Gabriel Peignot. Lettres et notes.
- Ms Z 559 - François de Lisola. Lettre. 5 septembre 1635
- Ms Z 560 - François de Lisola. Préface du vray interest de tous les princes en général
- Ms Z 561 - Profession de foi de Pierre Champereux, prêtre à Nozeroy, à la Constitution d'Innocent X. 4 mai 1706
- Ms Z 562 - Pierre-Joseph Proudhon. Lettres
- Ms Z 563 - Livre de constitution de rentes. 1704.