Fonds général - après Ms 3004 (Ms Z 320 à Z 828)
Ms Z 544 à Z 563 
- Ms Z 544 - Inventaire général du Cabinet d'histoire naturelle de Besançon. 1826- 1827.
- Ms Z 550 - Pierre-Joseph Proudhon. Kant. Principes métaphysiques du droit, suivi du projet de paix perpétuelle
- Ms Z 551 - Pierre-Joseph Proudhon. Les Constitutions.
- Ms Z 552 - Thomas. Lettre à Albéric Truchis de Varennes. 4 mai 1923.
- Ms Z 553 - Charles Weiss. Lettres. 1812-1863
- Ms Z 555 - Lettres adressées à Jean-Joseph Monnot-Arbilleur.
- Ms Z 556 - Notes sur divers sujets comtois
- Ms. Z 558 - Gabriel Peignot. Lettres et notes.
- Ms Z 562 - Pierre-Joseph Proudhon. Lettres