Ce Cartulaire est divisé en trois parties : « primus numerus » (fol. 7 à 42) ; « secundus numerus » (fol. 42 à 83) ; « tertius numerus » (fol. 83 à 109) ; « quartus numerus » (fol. 109-110). — Le volume est formé de 16 cahiers normalement composés de huit feuillets : le premier, qui n'a que six feuillets, est occupé par la table de tout le Cartulaire (fol. 1-5), suivie de la relation d'un notaire étant allé, en 1298, s'enquérir des droits du chapitre de Sainte-Madeleine sur l'église de Chenevrey (fol. 6) ; le troisième cahier, composé seulement de six feuillets, est privé du dernier feuillet qui paraît avoir été sans emploi (fol. 19-20) ; ce cahier est en grande partie rempli par une énumération, ajoutée au début du XIVe siècle, des cens que le chapitre de la Madeleine percevait à Dole et dans les localités voisines de cette ville ; le douzième cahier a perdu ses trois derniers feuillets, qui paraîtraient avoir été blancs (fol. 88-89) ; le quinzième cahier a perdu son cinquième feuillet, lequel contenait la fin de la charte LXXX et dernière du « tertius numerus » et la plus grande partie de la pièce I du « quartus numerus », cette dernière intitulée : « De accensatione hominum de Merey », et datée du 2 août 1283 (fol. 108-109) ; du seizième cahier il ne reste que les deux derniers feuillets (fol. 112 et 113), les six premiers ayant été coupés.

Au verso du dernier feuillet du quinzième cahier (fol. 111 vo) se trouve le début d'une énumération, datant du XIVe siècle, des dîmes que le chapitre de Sainte-Madeleine percevait à Dole : les deux feuillets qui subsistent du seizième cahier contiennent la fin d'une nomenclature également du XIVe siècle, des titulaires de diverses chapellenies qui dépendaient du chapitre de Sainte-Madeleine.

Le plus ancien titre transcrit (fol. 7 vo) est une bulle du pape Alexandre II, de 1073 ; le plus récent (fol. 52 vo) est une constitution de rente faite au profit du chapitre de Sainte-Madeleine, au mois de mai 1288.

Les textes qui manquent à notre Cartulaire se trouvent, avec un « Supplementum », dans une copie de ce document, faite au siècle dernier sous la direction du conseiller Droz, copie qui fait partie de la collection Moreau et dont la Bibliothèque de Besançon possède un exemplaire.