Liste des œuvres concernées :

- Don de l'artiste Jean Petit Esquisse de Vercingétorix (1858), don de figures de plâtre (par M. Klein, entrepreneur de travaux publics, 1863), don d'un canon (par l'archevêque de Besançon, trouvé dans les fondations du chantier de construction du collège François Xavier, 1867), don d'une pique flamande du XIVème siècle  (par M. Piguet, Société d'émulation du Doubs), don de deux pierres tumulaires (1870), don d'une médaille militaire du Général Rolland (par M. le Maire, 1872)

- legs Pierre Klein : collection de médailles et reproductions galvanoplastiques (1872-1874)

- legs Veuve Cornu : livres, tableaux, œuvres d'art (livres destinés notamment à la bibliothèque du service architecture de la ville, tableaux, moulages, dessins, études, pour le musée, 1875-1876)

- Dons et dépôts de 1880 : attributions par le Ministère de l'Instruction publique et des beaux-arts de tableaux :  Marais des Landes de Gascogne (de Martin Léonce Chabry),  Chez Don Quichotte (de Jacques Delannoy), Chez l'imprésario par Gonzales, L'absolution ( de Maurice Poirson), Dante et Virgile aux enfers (de Gustave Courtois), La Charbonnière (de Augustin Théodule Ribot) ; Semailles en Champagne (don de l'artiste Léon Georges Calves) ; proposition d'achat d'un trompe l'oeil de Gaspard Grésly par M. Castan.

- Legs Simon Raguet : tableaux et objets pour le musée (1880)

- Legs Charles Curasson (portrait de son grand-père, 1881-1884), don de doubles d'objets ethnographiques (mission de M. Cessac en Californie) par le Ministère de l'Instruction publique et des beaux-arts (1881), don de M. Carrel Bustes de Voltaire et Robespierre (1881).

- Don Chapellier Sceau de Claude de Beaufremont (1884), don Paul Michelot : Portrait de femme (de Jean Wyrsch) et miniature représentant Jean-Jacques Ordinaire (de Paul Borel) (1883)