Le martyre de Ferréol et Ferjeux
La basilique de Saint-Ferjeux s'élève sur l'emplacement où furent inhumés le diacre Ferjeux et le prêtre Ferréol venus évangéliser la capitale Séquane au IIIe siècle.
Leur histoire est relatée par la Passion des martyrs de Besançon dont la version la plus ancienne remonte probablement, au plus tard, au début du VIe siècle (Vregille, 2003, p. 181-196).
Les deux hommes professèrent le christianisme avec succès. La moitié de la population fut convertie ainsi que l'épouse de Claude (le gouverneur de la cité) qui avait reçu le baptême. Face à cette menace envers les dieux anciens, les apôtres bisontins, au préalable soumis à la torture, furent mis à mort afin de terrifier les convertis.
On put facilement s'emparer du prêtre et du diacre car ces derniers prêchaient à la vue de tous même s'ils se retiraient d'ordinaire dans une cachette, une petite crypte. Refusant de renier leur foi, Ferréol et Ferjeux durent endurer maints supplices avant d'être exécutés. La Passion ne fait pas mention de leur mort par décapitation - rapportée par d'autres textes cités par les auteurs -, ni du lieu de leur martyre. Ce dernier aurait eu lieu près de la Porte Noire, mais Dunod considérait que cet événement se serait plutôt déroulé près des arènes, d'où leurs corps pouvaient être facilement enlevés (Dunod de Charnage, 1735, t. 1, p. 172). Quoi qu'il en soit, le lieu de leur sépulture fut tenu secret puis oublié par la mémoire collective jusqu'à sa découverte fortuite lors d'une partie de chasse sur le territoire de Saint-Ferjeux. Deux tombeaux furent repérés dans une cavité rocheuse et les corps identifiés comme étant ceux de Ferréol et Ferjeux le furent par les marques de leur supplice, notamment les alènes qui avaient transpercé les corps. Cet événement eut lieu le 5 septembre 370, soit 150 ans après la mort des deux apôtres bisontins, survenue en 212 (Dunod
de Charnage, 1735, p. 47).
Les deux corps, transportés dans l'église Saint-Jean-l'Évangéliste de la cité, furent embaumés en attendant l'achèvement des travaux de construction d'une église sur le lieu de la découverte. L'évêque Aignan, connu entre 346 et 370, y institua une délégation de religieux pour y assurer le service divin (Gesta episcorum, BMB ms 695). Il se fit inhumer auprès des saints ainsi que son successeur Silvestre en 592 ou 595 (Jeannin, Reynaud, Vregille, 2007, p. 34). Reconnues pour leur caractère thérapeutique, les reliques attirèrent de nombreux pèlerins. Ainsi débuta l'histoire de l'église de Saint-Ferjeux.

Abrégé historique de la basilique
Érigée en basilique et collégiale en 1912, l'église actuelle, bâtie au XIXe siècle, remplace un édifice modeste, appartenant à un petit prieuré dépendant de l'abbaye Saint-Vincent jusqu'à la Révolution.

Les offices paroissiaux dont la première mention remonte au XIVe siècle (ADD, 1 H 9, p. 361) se déroulent dans la basilique depuis plusieurs siècles.

L'ancienne église était composée d'une nef et d'un choeur à chevet plat. Le chanoine Rossignot la décrit ainsi : « C'est une vaste chambre carrée sans aucun caractère architectural : la lanterne de fer-blanc qui lui sert de clocher la distingue seule d'un entrepôt ou un magasin » (Rossignot 1902, p. 29). Réparée dans les années 1520 et 1526, l'église subit les affres de la guerre de Dix Ans lors de l'incendie du village de Saint-Ferjeux en 1636. Les travaux de réparation de l'édifice, entrepris quelques années plus tard, furent financés par la Ville de Besançon, les religieux de Saint-Vincent n'en n'ayant pas assumé le coût. On ignore l'étendue de ces travaux, mais la consécration des autels eut lieu seulement en 1670 (ADD, 1 H 290).
En 1710 d'importants travaux touchèrent l'église puisque l'on y construisait une « chapelle » en place de la « simple grotte » (ADD, 1 H 289), « au souterrain de l'église desdits Pères Bénédictins de St Ferieu sur le tombeau des saints martyrs (&) » (ADD, 1 H 292). C'est à l'initiative de Clément Malcourant, procureur au Parlement de Besançon, que l'on éleva une chapelle souterraine de forme octogonale, éclairée par quatre fenêtres, couverte d'une voûte soutenue par des pilastres munis de bases et de chapiteaux d'ordre toscan.
Au XIXe siècle, l'église est trop exiguë pour accueillir les paroissiens dont le nombre ne cesse de s'accroître bien que l'on ait allongé le sanctuaire en 1817 ; Auguste Clésinger travailla au décor en
1833 (AMB, 2 M 19). Il devint alors urgent de construire une nouvelle église digne du tombeau des saints apôtres de Besançon prête à accueillir des processions, connaissant alors une période de renouveau. C'est la guerre de 1870 qui fut décisive pour la mise en oeuvre du projet. En effet, la ville, mise sous la protection de ses saints patrons, fut épargnée et le voeu de reconstruction d'un édifice digne des saints, formulé par le cardinal Mathieu, devait être accompli. Le projet pour des raisons financières fut retardé et la première pierre du vaste édifice, conçu par l'architecte bisontin Ducat, fut seulement posée le 30 août 1884 (Rossignot, 1902, p. 5). Il fallut de nombreuses années et de nombreux souscripteurs pour acheter les terrains nécessaires à la construction et voir l'achèvement du gros oeuvre en 1898 (Rossignot, 1902, p. 27). Mgr Humbrecht consacre l'église le
16 juin 1925 (Dotal, 1993, p. 47).
La petite église fut ainsi remplacée par un vaste édifice long d'une soixantaine de mètres construit dans un style dit « romano-byzantin », proche de celui du Sacré-Coeur de Montmartre. Il présente une façade occidentale dotée de trois portails et de deux tours. Précédée d'un vestibule, la nef à trois vaisseaux comptant cinq travées est séparée du choeur à cinq chapelles rayonnantes par un transept dont la croisée est surmontée d'une coupole à lanterne. Une crypte s'étend sous le choeur, le transept ainsi que sous une partie de la nef.

Rédaction des notices
Guy BARBIER : pages-titres Les tableaux de la nef, Les vitraux de la basilique ; Notices
Géraldine MéLOT : autres pages-titres ; Notices n° 69, 72, 98, 146

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Documentation personnelle de Pascale Bonnet « Les vitraux de la basilique de Saint-Ferjeux », étude non publiée.

La nef comptant cinq travées comporte un haut-vaisseau flanqué de bas-côtés dont les travaux s'achevèrent en 1897. L'élévation présente des grandes arcades aux arcs légèrement outrepassés, soutenues par des colonnes munies de chapiteaux et bases sculptés. L'éclairage est assuré par de larges baies géminées hautes et les fenêtres des bas-côtés. L'espace mural situé entre les supports et les baies hautes du haut-vaisseau est divisé en cinq panneaux accueillant des œuvres picturales. Elles sont encadrées de colonnettes et sommées par un rang d'arcatures. Au-dessus une frise ponctuée de sculptures ceint la totalité de l'édifice. Les chapiteaux des piliers sont l'œuvre d'Alfred Lenoir. La pierre bleue de Montrond (Doubs) employée en alternance avec le calcaire blond de Velesmes (Haute-Saône) pour les claveaux des baies et pour les colonnes anime le dessin architectural. Le tout est complété par des mosaïques d'or et de couleurs conçues par l'arboisien Ulysse Drupt dans les années 1920-1930. Elles comportent une frise d'inscriptions latines située entre les tableaux et les baies hautes tandis que les écoinçons des arcades portent les symboles des vertus. Sur le mur nord on lit : « EVANGELIVM NOSTRUM / NON FVIT IN SERMONE/ TANTVM SED IN VIRTVTE / ET IN SPIRITV SANCTO / ET IN PLENITVDINE MVLTA ». (Notre prédication de l'Évangile ne s'est pas faite chez vous seulement en paroles mais aussi avec la puissance et dans l'EspritSaint, et avec une pleine assurance ; Thessaloniciens 1, 5) Sur les écoinçons entre les grandes arcades nord on lit d'ouest en est « PRVDENCIA », « FORTITVDO », « TAMPERENCIA », « JVSTITIA ». Sur le mur sud on lit : « INTROIBUS NOSTER AD VOS NON / IN ANIS FVIT SED FIDVCIAM / HABVISMUS IN DEO NOSTRO / LOQVI AD VOS EVANGELIVM / DEI IN MVLTA SOLLICITVDINE ». (Notre arrivée chez vous n'a pas été chose vaine nous avons puisé en notre Dieu la hardiesse de vous annoncer l'Évangile de Dieu au milieu de bien des combats ; Thessaloniciens 2, 2) (traduction Manuel Tramaux). Sur les écoinçons entre les grandes arcades sud est écrit d'est en ouest « FIDES », SPES », « CARITAS », « RELIGIO ». Ce riche décor est complété par un faux appareil peint sur la voûte à lunettes. Les bas-côtés éclairés par des baies n'ont pas été l'objet d'une attention décorative particulière : les murs en pierre de taille sont nus.