Le martyre de Ferréol et Ferjeux
La basilique de Saint-Ferjeux s'élève sur l'emplacement où furent inhumés le diacre Ferjeux et le prêtre Ferréol venus évangéliser la capitale Séquane au IIIe siècle.
Leur histoire est relatée par la Passion des martyrs de Besançon dont la version la plus ancienne remonte probablement, au plus tard, au début du VIe siècle (Vregille, 2003, p. 181-196).
Les deux hommes professèrent le christianisme avec succès. La moitié de la population fut convertie ainsi que l'épouse de Claude (le gouverneur de la cité) qui avait reçu le baptême. Face à cette menace envers les dieux anciens, les apôtres bisontins, au préalable soumis à la torture, furent mis à mort afin de terrifier les convertis.
On put facilement s'emparer du prêtre et du diacre car ces derniers prêchaient à la vue de tous même s'ils se retiraient d'ordinaire dans une cachette, une petite crypte. Refusant de renier leur foi, Ferréol et Ferjeux durent endurer maints supplices avant d'être exécutés. La Passion ne fait pas mention de leur mort par décapitation - rapportée par d'autres textes cités par les auteurs -, ni du lieu de leur martyre. Ce dernier aurait eu lieu près de la Porte Noire, mais Dunod considérait que cet événement se serait plutôt déroulé près des arènes, d'où leurs corps pouvaient être facilement enlevés (Dunod de Charnage, 1735, t. 1, p. 172). Quoi qu'il en soit, le lieu de leur sépulture fut tenu secret puis oublié par la mémoire collective jusqu'à sa découverte fortuite lors d'une partie de chasse sur le territoire de Saint-Ferjeux. Deux tombeaux furent repérés dans une cavité rocheuse et les corps identifiés comme étant ceux de Ferréol et Ferjeux le furent par les marques de leur supplice, notamment les alènes qui avaient transpercé les corps. Cet événement eut lieu le 5 septembre 370, soit 150 ans après la mort des deux apôtres bisontins, survenue en 212 (Dunod
de Charnage, 1735, p. 47).
Les deux corps, transportés dans l'église Saint-Jean-l'Évangéliste de la cité, furent embaumés en attendant l'achèvement des travaux de construction d'une église sur le lieu de la découverte. L'évêque Aignan, connu entre 346 et 370, y institua une délégation de religieux pour y assurer le service divin (Gesta episcorum, BMB ms 695). Il se fit inhumer auprès des saints ainsi que son successeur Silvestre en 592 ou 595 (Jeannin, Reynaud, Vregille, 2007, p. 34). Reconnues pour leur caractère thérapeutique, les reliques attirèrent de nombreux pèlerins. Ainsi débuta l'histoire de l'église de Saint-Ferjeux.

Abrégé historique de la basilique
Érigée en basilique et collégiale en 1912, l'église actuelle, bâtie au XIXe siècle, remplace un édifice modeste, appartenant à un petit prieuré dépendant de l'abbaye Saint-Vincent jusqu'à la Révolution.

Les offices paroissiaux dont la première mention remonte au XIVe siècle (ADD, 1 H 9, p. 361) se déroulent dans la basilique depuis plusieurs siècles.

L'ancienne église était composée d'une nef et d'un choeur à chevet plat. Le chanoine Rossignot la décrit ainsi : « C'est une vaste chambre carrée sans aucun caractère architectural : la lanterne de fer-blanc qui lui sert de clocher la distingue seule d'un entrepôt ou un magasin » (Rossignot 1902, p. 29). Réparée dans les années 1520 et 1526, l'église subit les affres de la guerre de Dix Ans lors de l'incendie du village de Saint-Ferjeux en 1636. Les travaux de réparation de l'édifice, entrepris quelques années plus tard, furent financés par la Ville de Besançon, les religieux de Saint-Vincent n'en n'ayant pas assumé le coût. On ignore l'étendue de ces travaux, mais la consécration des autels eut lieu seulement en 1670 (ADD, 1 H 290).
En 1710 d'importants travaux touchèrent l'église puisque l'on y construisait une « chapelle » en place de la « simple grotte » (ADD, 1 H 289), « au souterrain de l'église desdits Pères Bénédictins de St Ferieu sur le tombeau des saints martyrs (&) » (ADD, 1 H 292). C'est à l'initiative de Clément Malcourant, procureur au Parlement de Besançon, que l'on éleva une chapelle souterraine de forme octogonale, éclairée par quatre fenêtres, couverte d'une voûte soutenue par des pilastres munis de bases et de chapiteaux d'ordre toscan.
Au XIXe siècle, l'église est trop exiguë pour accueillir les paroissiens dont le nombre ne cesse de s'accroître bien que l'on ait allongé le sanctuaire en 1817 ; Auguste Clésinger travailla au décor en
1833 (AMB, 2 M 19). Il devint alors urgent de construire une nouvelle église digne du tombeau des saints apôtres de Besançon prête à accueillir des processions, connaissant alors une période de renouveau. C'est la guerre de 1870 qui fut décisive pour la mise en oeuvre du projet. En effet, la ville, mise sous la protection de ses saints patrons, fut épargnée et le voeu de reconstruction d'un édifice digne des saints, formulé par le cardinal Mathieu, devait être accompli. Le projet pour des raisons financières fut retardé et la première pierre du vaste édifice, conçu par l'architecte bisontin Ducat, fut seulement posée le 30 août 1884 (Rossignot, 1902, p. 5). Il fallut de nombreuses années et de nombreux souscripteurs pour acheter les terrains nécessaires à la construction et voir l'achèvement du gros oeuvre en 1898 (Rossignot, 1902, p. 27). Mgr Humbrecht consacre l'église le
16 juin 1925 (Dotal, 1993, p. 47).
La petite église fut ainsi remplacée par un vaste édifice long d'une soixantaine de mètres construit dans un style dit « romano-byzantin », proche de celui du Sacré-Coeur de Montmartre. Il présente une façade occidentale dotée de trois portails et de deux tours. Précédée d'un vestibule, la nef à trois vaisseaux comptant cinq travées est séparée du choeur à cinq chapelles rayonnantes par un transept dont la croisée est surmontée d'une coupole à lanterne. Une crypte s'étend sous le choeur, le transept ainsi que sous une partie de la nef.

Rédaction des notices
Guy BARBIER : pages-titres Les tableaux de la nef, Les vitraux de la basilique ; Notices
Géraldine MéLOT : autres pages-titres ; Notices n° 69, 72, 98, 146

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Documentation personnelle de Pascale Bonnet « Les vitraux de la basilique de Saint-Ferjeux », étude non publiée.

La crypte offre un vaste espace s'étendant jusqu'aux deux dernières travées de la nef et reprend le plan des élévations qui la surmontent. Elle est desservie par deux escaliers latéraux assurant la circulation des processions, aménagement courant dans les édifices de pèlerinage. Elle a été creusée du 25 juillet au 30 août 1884, jour de la pose de la première pierre, située à la base de l'arc doubleau sud de la chapelle axiale. Lors de la bénédiction un plan de la future église accompagné d'un texte relatant les circonstances de la construction et les différentes personnes impliquées dans le projet ont été déposés par le cardinal Caverot dans un logement aménagé dans un parement de la crypte. La première messe y a été célébrée en juin 1886 et on y assura les offices en attendant la mise en service de l'église haute. Le sculpteur Alfred Lenoir a réalisé les médaillons des tympans des portes d'entrée ainsi que les chapiteaux de la crypte.