Historique des fonds
Le 3 juin 1290, l'empereur Rodolphe de Habsbourg accorde à la ville de Besançon les franchises et le statut de ville impériale.
Depuis ce jour, la ville a toujours mis en lieu sûr les chartes et titres attestant de ses privilèges.
Du XVIe à la fin du XVIIIe siècle, les archives municipales sont conservées dans un coffre en fer forgé fabriqué et peint à Nuremberg au XVIe siècle.
Cet objet, précieux et symbolique, est actuellement présenté en salle d’exposition.
Jusqu'à la fin du XIXe siècle, les archives restent à l'Hôtel de ville : les registres sont disposés sur des rayonnages et les dossiers rangés dans un meuble à "layettes" (tiroirs), mobilier transféré et encore utilisé aujourd'hui à la bibliothèque.
En 1899, les archives anciennes (antérieures à 1790) sont transférées à la bibliothèque d'étude et de conservation, tandis que les archives modernes (1790-1952) demeurent à l'Hôtel de ville jusqu'en 1959. Ces dernières sont déplacées à la Citadelle jusqu'en 1983, date à laquelle elles rejoignent les archives anciennes à la bibliothèque. Depuis 1993, avec le volume important de documents versés par les services municipaux, les archives contemporaines sont pour l'essentiel conservées dans un bâtiment annexe.
Depuis 2007, le service des Archives municipales gère également les dossiers produits par l'administration centrale de Grand Besançon Métropole (GBM).